Schüler:innen, Lehrer:innen und Eltern bilden und gestalten die Freie Schule Bochum in Selbstverwaltung. Rechtsträger ist der gemeinnützige Verein „Freie Schule Bochum e. V.“. Die Mitgliedschaft in diesem Verein steht allen Eltern, Lehrer:innen und volljährigen Schüler:innen offen.
Die schulischen Gremien des Selbstverwaltungskonzeptes sind: